Художественный театр не дождался получения от Чехова переработанного текста III и IV актов и в середине декабря 1900 г. отправил в Петербург на утверждение драматической цензуры экземпляр пьесы первоначальной редакции (дата получения в цензуре — 17 декабря 1900 г.). Хотя в театре уже имелся переработанный текст двух предыдущих актов, авторские исправления не были перенесены в экземпляр, посланный на утверждение. Репетиции тоже велись тогда по старым тетрадкам с текстом первоначальной редакции.
Несколько исправлений Чехов внес в период репетиций. Закончив к 8 января 1901 г. режиссерскую планировку пьесы, Станиславский обратился к нему с просьбой изменить финал и снять ремарку, где говорилось, что в глубине сцены «видна толпа, несут убитого на дуэли барона». В режиссерском экземпляре рядом с этой ремаркой Станиславский сделал заметку: «Просить А. П. Чехова вычеркнуть все это» (Музей МХТ). На соседнем чистом листе он объяснил подробнее: «Обратить внимание Ант<она> Павл<овича>, что, по его редакции — необходимо вставлять нар<одную> сцену, какой-то говор толпы, проносящей Тузенбаха, без чего выйдет балет. При проносе и узкости сцены все декорации будут качаться — толпа будет грохотать ногами — задевать — произойдет расхолаживающая пауза. А сестры — неужели их оставить безучастными к проносу — Тузенб<аха>. Надо и им придумать игру. Боюсь, что погнавшись за многими зайцами, упустим самое главное <:> заключительную бодрящую мысль автора, кот<орая> искупит многие тяжелые минуты пьесы. Пронос тела выйдет или скучным, расхолаживающим, деланным, или (если удастся победить все затруднения) — то страшно тяжелым, тяжелое впечатление только усилится» (там же; «Театр», 1960, № 1, стр. 146).
Свои предложения Станиславский изложил в письме к Чехову 9 января 1901 г.: «Монологи финальные сестер, после всего предыдущего, очень захватывают и умиротворяют. Если после них сделать вынос тела, получится конец совсем не умиротворяющий <…> Как ни нравится мне тот пронос, но при репетиции начинаю думать, что для пьесы выгоднее закончить акт монологом. Может быть, Вы боитесь, что это слишком напомнит конец „Дяди Вани“? Разрешите этот вопрос: как поступить?» (Станиславский, т. 7, стр. 205). По просьбе Станиславского Чехову о том же писала и Книппер (13 и 22 января — см.: Переписка с Книппер, т. 1, стр. 278, 293). 15 января Чехов ответил Станиславскому согласием: «Конечно, Вы тысячу раз правы, тело Тузенбаха не следует показывать вовсе; я это сам чувствовал, когда писал, и говорил Вам об этом, если Вы помните». При публикации пьесы ремарка о проносе тела Тузенбаха была исключена.
По приезде в Москву Немировича-Данченко Книппер сообщила Чехову, что теперь «хорошо занялась Машей». В том же письме она спрашивала: «Ничего, если я в последнем моем финальном моноложке сделаю купюру? Если мне трудно будет говорить его? Ничего ведь?» (18 января 1901 г. — Переписка с Книппер, т. 1, стр. 288). Видимо, это предложение исходило от Немировича-Данченко, который в письме к Чехову от 22 января тоже настаивал на купюрах в этом монологе и следующем за ним монологе Ирины: «Необходимы купюры. Сейчас пошлю тебе телеграмму, а подробнее — вот что: три монолога трех сестер — это нехорошо. И не в тоне, и не сценично. Купюра у Маши, большая купюра у Ирины. Одна Ольга пусть утешает и ободряет. Так?» (Избранные письма, стр. 208; текст телеграммы см.: Ежегодник МХТ, стр. 135). Ответ Чехова неизвестен, однако впоследствии монолог Маши Чехов наполовину сократил, а монолог Ирины все же сохранил полностью.
25 января 1901 г. Чехов сообщил Вишневскому о необходимом исправлении в роли Кулыгина: «Милый Александр Леонидович, перед фразой: „Главное во всякой жизни — это ее форма“ — прибавьте слова: „Наш директор говорит“» (I акт).
Немирович-Данченко позднее вспоминал, что при встрече с Чеховым в Ницце «в конце декабря» 1900 г. (их свидание состоялось 27 декабря) он «получил от него еще кое-какие поправки в тексте пьесы, с которыми и вернулся» (Из прошлого, стр. 169). Однако эти поправки неизвестны. Правда, в экземпляре сценической редакции пьесы (суфлерский экземпляр — Музей МХТ) среди множества отклонений от позднейшего печатного текста обращают на себя внимание два места, которые из суфлерского экземпляра затем перешли в окончательный печатный текст. Можно предположить, что эти добавления были сделаны театром в период репетиций и потом авторизованы Чеховым и учтены в печатном тексте, или же, что они — как раз из числа тех «поправок», которые Немирович-Данченко получил от Чехова еще ранее — в Ницце.
Одна из них — добавление, сделанное во фразе Соленого в его разговоре с Чебутыкиным из I акта: «Года через два-три вы умрете от кондрашки, или я вспылю и всажу вам пулю в лоб, ангел мой». Слова «ангел мой» из суфлерского экземпляра перешли затем в печатный текст отдельного издания пьесы 1901 г. (ТС) — еще до того, как Чехов впервые увидел «Трех сестер» на сцене Художественного театра.
Другое добавление — тоже в сцене Соленого с Чебутыкиным, но уже из IV акта: «(Опрыскивая духами руки.) Вылил на руки целый флакон духов и все-таки от них пахнет. Они у меня пахнут трупом. Это хорошо». После этих слов Соленого шла еще и реплика Чебутыкина, тоже отсутствовавшая в авторской рукописи: «Да, очень хорошо». Весь этот отрывок в отредактированном виде и уже без реплики Чебутыкина тоже перешел из суфлерского экземпляра в пьесу: он был напечатан в тексте «Русской мысли» и сохранен в окончательной редакции «Трех сестер».
Узнав из газет, что Чехов написал или пишет новую «комедию», В. М. Лавров 14 октября 1900 г. обратился к нему с просьбой: «…я намереваюсь просить тебя отдать эту комедию „Русской мысли“ <…> Вспомни нашу старую дружбу и связь, соединяющую тебя с нашим журналом» (ГБЛ).