В новой, переработанной редакции «Трех сестер» в тексте первых двух актов сделан ряд добавлений и замен. В самом начале I акта введены иронические реплики Чебутыкина и Тузенбаха, перебивающие мечтания Ольги о Москве и замужестве: «Черта с два!», «Конечно, вздор», «Такой вы вздор говорите, надоело вас слушать». В роли Соленого добавлены фразы, подчеркивающие его странную манеру «задираться»: в I акте — умозаключение по поводу того, что «два человека сильнее одного не вдвое, а втрое», затем — предсказание Чебутыкину его судьбы («Года через два-три вы умрете от кондрашки, или я вспылю и всажу вам пулю в лоб»), рассуждение о вокзале, который «если бы был близко, то не был бы далеко», а также реплика о наливке, настоенной «на тараканах»; во II акте — реплика о ребенке, которого он «изжарил бы на сковородке и съел бы», поддразнивание барона («Цып, цып, цып…»), угроза убить «счастливого соперника», привычка опрыскивать себя духами.
Добавлено несколько новых штрихов в роли Маши: ее озорная выходка за именинным столом в конце I акта («Эх-ма, жизнь малиновая, где наша не пропадала!»), беспричинный смех во время спора Вершинина с Тузенбахом (II акт). Изменена также ее фраза, проходящая лейтмотивом по всей роли: вместо прежней цитаты из суворовской депеши («Слава богу, слава нам, Туртукай взят, и мы там») она вспоминает теперь поэтические пушкинские строки: «У лукоморья дуб зеленый, златая цепь на дубе том…»
В речи Чебутыкина добавлена фраза о средстве против выпадения волос (при этом Чехов использовал рецепт, сообщенный ему Книппер в письме от 12 сентября 1900 г. — Переписка с Книппер, т. 1, стр. 188), а в другой его фразе: «Знаю по газетам, что был, положим, Белинский…» и т. д. — фамилия Белинского заменена на Добролюбова (I акт).
Введены отдельные добавления также в речи других лиц: в I акте — упоминания Вершинина о его бездомовье («всю жизнь мою болтался по квартиркам с двумя стульями…» и т. д.), Тузенбаха — о приверженности к русской культуре («по-немецки даже не говорю», «отец у меня православный»); во II акте — обращение Тузенбаха к уставшей Ирине: «Когда вы приходите с должности, то кажетесь такой маленькой, несчастненькой…», наставительное поучение Наташи: «Милая Маша, к чему употреблять в разговоре такие выражения?» и т. д.
Переработка III и IV актов была осуществлена Чеховым после переезда в Ниццу. 15 декабря он писал Книппер: «Переписываю свою пьесу и удивляюсь, как я мог написать сию штуку, для чего написать <…> В III акте я кое-что изменил, кое-что прибавил, но очень немного». 16 декабря III акт был послан в Москву на имя Немировича-Данченко. 18 декабря Чехов дополнительно сообщил ему о поправке к III акту: «В III акте последние слова, которые произносит Соленый, суть: (глядя на Тузенбаха) „Цып-цып-цып…“» Эти слова были тогда же вписаны Немировичем-Данченко в соответствующее место автографа. Сопоставление первоначальной «ялтинской» редакции с беловой рукописью переработанной «московско-ниццкой» редакции см. также в статье А. Р. Владимирской «Две ранние редакции пьесы „Три сестры“» (ЛН, т. 68).
17 декабря 1900 г. Чехов сообщил Книппер, что в IV акте «произвел перемены крутые» и в роли Маши «прибавил много слов». На следующий день этот акт был уже готов к отсылке, и 18 декабря Чехов писал Немировичу-Данченко, что только «на один день опоздал». Позднее Чехов сожалел, что поторопился с завершением IV акта: «А если бы сей акт побыл у меня еще дня 2–3, то вышел бы, пожалуй, сочней» (Книппер, 28 декабря 1900 г.). Ввиду новогодних праздников IV акт пролежал в Ницце еще два дня (почтовый штемпель в Ницце — 2 января 1901 г. по новому стилю) и был получен в Москве только 24 декабря ст. ст. (текст III и IV актов на листках почтовой бумаги — Музей МХТ).
В финале пьесы была сделана композиционная перестановка: эпизод прощания Тузенбаха с Ириной, шедший прямо за сценой Андрея с Ферапонтом, передвинут ближе к началу акта: вероятно, надо было увеличить интервал между уходом Тузенбаха со сцены и вестью о его гибели.
В новой редакции Маша присутствует в IV акте уже не только в сцене прощания с Вершининым, как было раньше, но также и в предшествующих сценах. В конце акта добавлены ее фразы, поясняющие разрыв с Наташей, завладевшей домом: «Я не пойду в дом, я не могу туда ходить», «Я в дом уже не хожу, и не пойду». В самом финале пьесы вставлено два небольших монолога — Маши и Ирины.
В роли Соленого в III акте добавлен эпизод, в котором он задирает Тузенбаха («Почему же это барону можно, а мне нельзя?» и т. д.), а в IV акте в его речь добавлены две стихотворные цитаты («Он ахнуть не успел, как на него медведь насел», «А он, мятежный, ищет бури, как будто в бурях есть покой»).
Ряд добавлений сделано в роли Чебутыкина: упоминание о женщине, которую он лечил на Засыпи и «уморил» (III акт); рассказ о ссоре барона с Соленым и вызове на дуэль; многократные повторения его любимых словечек: «Все равно!» и «Тара-ра…бумбия…» (IV акт).
Много отдельных поправок внесено в текст IV акта. Введено неодобрительное замечание Кулыгина в связи с решением Ирины ехать на завод учительницей: «Одни только идеи, а серьезного мало». В отзыве Андрея о Наташе добавлены слова: «Жена есть жена» (свидетельство Станиславского, будто Чехов заменил этими словами «весь монолог Андрея в последнем акте», ошибочно; ср.: А. Владимирская. Заметки на полях. — «Театр», 1960, № 1, стр. 159). В последней сцене Ольги с Вершининым ее слова о намерении все же «уехать в Москву» заменены признанием несбыточности этих надежд: «В Москве, значит, не быть…» В той же сцене добавлены реплики Вершинина и ремарки, подчеркивающие томительность ожидания Маши («Смотрит на часы», «Пауза»). Введен эпизод с Кулыгиным, одевающим отнятые у гимназистов накладные усы и бороду. В заключительной ремарке пьесы добавлено, что Андрей везет «другую колясочку» (уже не с Софочкой, а с Бобиком) и т. д.