Сам Чехов впервые увидел пьесу на сцене театра лишь в следующем сезоне — сначала на репетициях, а потом на первом спектакле (21 сентября 1901 г.), о котором через несколько дней писал Л. В. Средину: «…„Три сестры“ идут великолепно, с блеском, идут гораздо лучше, чем написана пьеса. Я прорежиссировал слегка, сделал кое-кому авторское внушение, и пьеса, как говорят, теперь идет лучше, чем в прошлый сезон» (24 сентября). Об одном из таких «авторских внушений» вспоминал впоследствии В. В. Лужский, исполнитель роли Андрея: «Мной на репетициях остался недоволен, позвал меня к себе и очень подробно, с остановками и разъяснениями, прошел роль Андрея. Таких занятий с Ант. Павл. у меня было не менее трех, каждый раз он занимался со мной не менее часа. Он требовал, чтобы в последнем монологе Андрей был очень возбужден. „Он же чуть не с кулаками должен грозить публике!“» (В. В. Лужский. Из воспоминаний. — «Солнце России», 1914, июнь, № 228/25, стр. 5; Чехов в воспоминаниях, стр. 441).
Станиславский отмечал, что Чехов остался очень доволен репетициями, «но только жалел, что не так звонили и изображали военные сигналы во время пожара. Он поминутно печалился и жаловался нам на это. Мы предложили ему самому перерепетировать закулисные звуки пожара и предоставили ему для этого весь сценический аппарат. Антон Павлович с радостью принял на себя роль режиссера и, с увлечением принявшись за дело, дал целый список вещей, которые следовало приготовить для звуковой пробы». Однако, вспоминал далее Станиславский, на спектакле началась такая «какофония» звуков пожара, что пришлось отказаться от предложенного Чеховым звона (Станиславский, т. 1, стр. 237–238; ср. также т. 5, стр. 354).
Во время следующих гастролей театра в Петербурге весной 1902 г. Книппер говорила, что роль Маши играет теперь иначе: «Владимир Иванович смотрел вчера 3-ий акт и сказал, что я по-новому играю, очень смело — вся ушла в любовь. Это ведь как ты хотел» (14 марта 1902 г. — Переписка с Книппер, т. 2, стр. 373).
Последний спектакль «Трех сестер» в сезоне 1902/03 г. посетила М. Н. Ермолова. В письме, написанном на следующий день, Книппер рассказывала Чехову об этом посещении: «Была за кулисами, восторгалась игрой, говорит, что только теперь поняла, что такое — наш театр. В 4-м акте, в моей сцене прощания, она ужасно плакала и потом долго стоя аплодировала. У нас всех было приподнятое настроение. Вызывали много; в конце, несмотря на то, что пост играем дома, публика устроила что-то вроде прощания и долго не расходилась» (17 февраля 1903 г. — Книппер-Чехова, ч. 1, стр. 221).
Осенью 1903 г., когда после долгого перерыва снова шли на сцене Художественного театра «Три сестры», Станиславский писал Чехову, что то был «радостный день», в который «все ожили»: «Прием восторженный, и по окончании пьесы овации у подъезда» (13 октября 1903 г. — Станиславский, т. 7, стр. 264). Об этом же спектакле сообщала Чехову и Книппер: «Все счастливы; играли крепко, бодро, прием был великолепный, после 4-го акта — почти овационный <…> Очень хорошо играли, и слушала публика изумительно. Ведь ты наш автор, ты это должен чувствовать, должен понимать, что мы как дома в твоих пьесах, играем с любовью» (Книппер-Чехова, ч. 1, стр. 298).
До постановки пьесы Художественным театром ее просили у Чехова для своих бенефисов артисты других театров: В. Ф. Комиссаржевская (см. письма к ней и М. П. Чеховой от 9 и 13 сентября, 13 ноября 1900 г.), Е. К. Лешковская (ее телеграмма Чехову от 23 октября 1900 г. — ГБЛ), С. П. Волгина (письмо из Одессы от 19 января 1901 г. — ГБЛ), актер труппы К. Н. Незлобина — И. И. Гедике (письмо из Н. Новгорода от 30 ноября 1900 г. — ГБЛ), режиссер труппы Новочеркасского театра И. А. Ростовцев (15 декабря 1900 г. — ГБЛ). П. П. Гнедич, вступив в должность управляющего репертуаром Александринского театра, просил Чехова дать пьесу «в будущем сезоне после того, как она пройдет у Немировича» (16 ноября 1900 г. — ГБЛ).
Одной из лучших постановок «Трех сестер» на провинциальной сцене был спектакль, поставленный в день московской премьеры Н. Н. Соловцовым в Киеве, в котором принимали участие известные артисты: Е. Н. Рощина-Инсарова (Ольга), А. М. Пасхалова (Маша), М. И. Велизарий (Ирина), Е. Я. Неделин (Кулыгин), И. М. Шувалов (Вершинин), Л. М. Леонидов (Соленый). В телеграмме, посланной Соловцовым Чехову, говорилось: «Давно я и мои товарищи артисты моей труппы не испытывали высокохудожественного наслаждения, какое доставила нам постановка Вашей пьесы. Репетированье ее вызвало среди нас тот нравственный подъем, то редкое настроенье, вдохновенье и то сценическое единение, какие способны вызвать только произведенья глубокого, яркого таланта…» (7 марта 1901 г. — ГБЛ). В начале следующего сезона Соловцов приглашал Чехова приехать на этот спектакль, сообщал, что «„Три сестры“ в Одессе имеют громадный успех» (сентябрь 1901 г. — ГБЛ). В мае 1901 г. Чехова приветствовали зрители, видевшие «Трех сестер» в Астрахани, а также артисты труппы Н. Д. Красова, приславшие ему телеграмму, в которой передавали «привет и благодарность автору, чуткому наблюдателю и глубокому, сердечному художнику современной русской жизни» (31 мая 1901 г. — ГБЛ).
Весной и летом 1901 г. «Три сестры» шли в постановке ряда гастрольных трупп с участием столичных и провинциальных артистов: В. Ф. Комиссаржевской (в Варшаве, Вильне), Л. Б. Яворской (в Одессе), Г. Г. Ге (в Ярославле) и т. д. 22 ноября 1901 г. «Три сестры» исполнялись в Ялте труппой московского товарищества артистов под управлением И. А. Добровольцева. Пьеса была показана несмотря на запрет Чехова и его отказ руководить постановкой. Назойливость распорядителя и сам спектакль, сыгранный, по словам Чехова, «отвратительно», причинили ему тогда немало огорчений (см. письма к Книппер 19, 22 и 24 ноября 1901 г., а также воспоминания очевидцев: А. Безчинский. А. П. Чехов в Ялте. — Приложение к газете «Русь», 1907, № 7, стр. 110; Бор. Лазаревский. А. П. Чехов. — «Журнал для всех», 1905, № 7, стр. 428).